El historial de River ante Atlético Nacional de Medellín, rival de la final de la Copa Sudamericana, no es positivo pues se enfrentaron en 8 ocasiones por diferentes torneos continentales y el equipo Verde ganó 4 veces contra 2 triunfos de River y 2 empates.
En cruces a eliminación directa, se enfrentaron en la semifinal de la Copa Libertadores de 1995 y aquella vez el equipo Paisa clasificó por penales en la cancha de River con una actuación soberbia de René Higuita tras ganar de local 1-0 y caer por el mismo resultado en Buenos Aires.
En la Supercopa del año siguiente, nuevamente el equipo de Medellín eliminó a River, aunque esta vez en la primera fase tras un empate 2-2 en el Monumental y una victoria de los colombianos por 2-1 con Juan Pablo Angel anotando un gol para Nacional.
En la Supercopa de 1997, que finalmente ganaría River, el equipo que en ese momento dirigía Ramón Díaz sacó del torneo en semifinales al conjunto colombiano con un 2-0 de local y una derrota 2-1 en el Atanasio Girardot. El gol del elenco de Núñez, que le dio la clasificación, lo anotó su actual DT Marcelo Gallardo.
Los últimos dos cruces se dieron en la fase de grupos de la Copa Libertadores 2000. En aquel entonces empataron 1-1 en el Atanasio Girardot, mientras que en el Monumental se impuso Atlético Nacional por 3-2.
Pese a la desventaja en el historial con Atlético, los rivales colombianos le sientan muy bien a River a la hora de la definición, porque las dos Copas Libertadores que tiene las consiguió tras vencer en la final a América de Cali. En 1986, se alzó con la corona luego de sumar dos victorias (2-1 y 1-0), mientras que en 1996 sufrió una caída de visitante (1-0) pero lo revirtió con un triunfo de local (2-0).
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