El organismo sudamericano utilizó como referencia el torneo corto que se llevó a cabo de febrero a mayo de este año y tomó a los seis mejores clasificados en la tabla general que no hayan ingresado en la Copa Libertadores 2017, ya que ambos certámenes internacionales se disputarán al mismo tiempo a lo largo del año y los clubes solo podrán participar en uno.
Cabe destacar que si Racing o Gimnasia (se enfrentan en Octavos) se adjudican la Copa Argentina 2016, lograrán acceder a la Libertadores y liberarán un lugar que sería ocupado por Vélez*.
<b>Clasificados a la Copa Sudamericana 2017:</b>
6º Independiente: 27 pts., +10 (dif. de gol)
7º Arsenal: 27 pts., +6
8º Defensa y Justicia: 25 pts., +9
9º Huracán: 25 pts., +6
10º Gimnasia: 25 pts., +0
11º Racing: 24 pts., +3
* 12º Vélez: 24 pts., +1 (entra si Racing o Gimnasia ganan la Copa Argentina)