Rojo debutó en el 2008 en el partido ante Colón que culminó 0-0 por el torneo de Primera División de Argentina. Con el conjunto de La Plata disputó el Mundial de Clubes en 2009, con el equipo dirigido por Alejandro Sabella, y además ganó el Torneo Apertura de 2010.
Luego de consagrarse emigró al fútbol ruso, al Spartak de Moscú, y comenzó su carrera en Europa, donde visitó las camisetas de Sporting de Lisboa de Portugal (2012-14) y Manchester United de Inglaterra desde 2014 hasta la actualidad.
<blockquote class="twitter-tweet"><p lang="es" dir="ltr">?? Uno vuelve siempre a los sitios donde fue feliz. Porque el sentido de pertenencia ?? es más fuerte. Tu sueño y el de la Familia Pincha se hacen realidad ? Nos reencontramos en UNO ?<br><br>? ¡Bienvenido y gracias por volver, Marcos! ¡Te recibimos con el corazón! ? <a href="https://t.co/rAzQrSlnzX">pic.twitter.com/rAzQrSlnzX</a></p>— Estudiantes de La Plata (@EdelpOficial) <a href="https://twitter.com/EdelpOficial/status/1222862682744856577?ref_src=twsrc%5Etfw">January 30, 2020</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script>
Además, Rojo portó los colores de la Selección Argentina desde 2010 y disputó la Copa América en tres ocasiones (2011, 2015 y 2016, Centenario) y los Mundiales de Brasil 2014 y Rusia 2018. Uno de los objetivos del defensor es volver a vestir la celeste y blanca para el próximo torneo internacional que se disputará en Argentina y Colombia este año. Por eso tomó la decisión de regresar a jugar al país y al club de sus amores: para mostrarse ante los ojos de Lionel Scaloni.
"Uno vuelve siempre a los sitios donde fue feliz. Porque el sentido de pertenencia es más fuerte. Tu sueño y el de la Familia Pincha se hacen realidad. Nos reencontramos en UNO. ¡Bienvenido y gracias por volver, Marcos! ¡Te recibimos con el corazón!", escribió el Twitter oficial Estudiantes de La Plata junto con un emocionante video.